때는 서기 2131년.
안데스 상공에서 일어난 KCS 한국 여객기의 비국은 전세계를 놀라게 했고 라이파이의 몸을 다시 제비기에 싣게 하였다. 먼저 조사차 긴급히 떠났던 김철수 탐정은 아지 못할 INCA(인카)족의 함정에 걸려서 큰 위기를 맞게 되었다.
그러나 연락기를 통한 라이파이의 구원으로 겨우 살아날 수 있었다. 그러나 별안간 나타난 미모의 악녀 녹의 여왕은 천둥과 번개로 라이파이의 정신을 잃게 하고 라이파이를 잡의 그의 마샤로 신의 재물로 바치려 하였다.

그러나 라이파이의 정의에 불타는 늠늠한 모습에 그만 그를 살리고 라이파의 힘을 빼내도록 만든다. 이것으로 라이파이는 그들의 포로가 되었다. 한편 라이파이를 잃은 제비기가 인카성을 맹공격하나 완전하게 방어진을 펴놓은 인카군대의 방해로 결국 실패한다.

그뿐아니라 여왕의 요술에 제비양과 윤박사 또한 김탐정까지도 잡혀 끓는 기름가마 속에 들어가게 되었다. 그런데 별안간 일어난 기적같은 사실이 그들을 구한다. 그리하여 라이파이와 그의 동료들 즉, 제비양,김탐정,윤박사는 모두 인카성의 포로가 되었다.

어느날 녹의 여왕은 라이파이에게 다음 같은 놀라운 비밀을 말하여준다. 즉 지금으로부터 980년전 중남미 유가탄 반도와 안데스산속에서 일어난 인카?마야 양대 과학문명은 비록 소수의 특정인만이 맛보기 위한 것이었으나 굉장히 우수한 것이었다. 그러나 조그마한 사건이 그들을 전쟁의 구렁이로 몰아넣었고 그것은 과학전쟁으로 핵무기 사용은 이 두개의 고대 과학문명을 지구상에서 자취를 감추게 하였다. 그러나 인카의 타이루 박사와 녹의 영왕 또 베타트 장군은 광자 로켓트로 그린스타(녹색별)라는 새로운 별에 도착하였다.

그린스타는 정말 꿈의 별이었다.
어느날 타이루박사가 죽엄에 앞서 여왕에게 인카의 비밀과 마샤로신의 이야기를 하고 숨을 걷우어 버린다. 여왕은 이 영원의 별에서 젊음을 영속하고자 지구로 돌아와 인카의 후손을 모았다. 그러나 지구인을 믿지 못하는 여왕은 우선 지구의 모든 과학자와 과학시설을 때려부시기로 마음먹고 곧 착수하여 강대한 힘을 길렀든 것이다.

라이파이는 여왕의 이 어마어마한 꿈에 깜짝놀라 모든 인류를 이 여왕의 손에서부터 구해야겠다고 결심한다. 드디어 라이파이는 그의 동료들과 극적인 탈출을 한다. 한편 안데스의 인카성을 중심으로 되어있는 페루와 보리비아 또 칠리는 인카국이 위험한 존재임을 깨닳고 그들은 공격을 하나 인카의 공군에 대패하고 만다.

이 즈음 미국에서 발사되는 우주선 명왕성호는 여왕의 놀라움과 함께 그의 명령으로 그 설계자인 마이켈 죤박사의 납치로 좌절되어 버린다. 연합군 공군들도 용감히 싸웠으나 인카군의 우수한 과학병기앞에 연전연패 만을 거듭했다. 인카군은 이때 마침 같은 꿈을 지닌 북아메리카의 인디안 이루쿳치족의 추장 마루넷치와 동맹을 맺고 연합군과 정면 대립하나 영국 스미스 장군을 사령관으로 하는 연합군 육.해.공군의 이루쿳치섬 공격작전은 무사히 성공한 것이었다.

이제 양쪽 인디안들은 인카성으로 모였다. 그동안 인카성을 공격한 라이파이는 녹의 여와의 특별경비대가 지키는 병기제작 창고를 폭발시켜버리고 자기도 부상을 입는다. 격분한 녹의 여왕이 한국을 공격목표로 삼아 한국 방위군과 싸우는 동안 인카성에서는 라이파이를 체포한다. 돌아온 여왕은 또 마음이 변하고 라이파이를 달랜다.

그러나 라이파이의 마음은 끝내 변함없었다. 덕분에 라이파이는 인카제일의 장사 토로와 결투하여 이기고 다시 장군 베라토와 싸워 이긴다. 화가난 여왕은 라이파이를 죽이라 명령하고 그를 추격, 싸움끝에 비밀에 싸인 마샤로 신은 깨지고 그 단에 들어간 여왕과 라이파이는 굉장히 깊은 땅속까지 들어가 이상한 또 하나의 세계로 빠지게 된다.

인카성에서 여왕은 죽은 것으로 간주하고 베라토장군과 마루넷치추장은 새로운 성주가 된다. 그러나 여왕은 라이파이의 구원을 얻어 겨우 살아나 동굴속을 헤매었다. 늪지의 인디안들을 만난다. 이들 인디안들은 그물로 라이파이와 녹의 여왕을 잡는다. 그리고 악어밥을 만들려는 때 라이파이는 연락기를 틀어 제비기를 부른다. 제비기의 후원으로 라이파이는 탈출에 성공하지만 녹의 여왕은 실패한다.

다시 잡힌 여왕은 인디안의 노파 추장에게 죽엄을 당하게 되었으나 곧 사실이 밝혀졌다. 이들도 인카의 후손들이며 이 노파도 옛날 여왕의 시녀였던 것이다. 그래서 여왕은 구원을 얻고 오랫동안 비어두었던 그리운 인카성으로 돌아간다.

그러나 아아 이게 왠일인가?

베라토가 자기를 배반하고 말았다는 것을 알자 무희로 변하여 베라토를 뱀에 물려 죽게 하였다. 바로 이때 지구연합방위군은 인카성을 포위공격을 개시한다. 그러나 녹의 여왕의 맹렬한 반격은 이들을 전멸시키고 연합군 사령관도 인카군의 포로가 되자 연합 참모부에서 원폭투하 결정을 내렸다. 인류의 멸망을 고하는 이 경고에 놀란 라이파이는 곧 인카성으로 달려가 연합군 사령관을 구한다.

그러나 대결전은 벌어져 분논에 찬 녹의 여왕의 살기등등한 호령은 라이파이를 포위 집중공격하게 한다. 라이파이와 김탐정 또 연합군 사령관은 제비기의 후원을 받아 인카성 다리를 건너갔으나 그곳에 막힌 돌벽과 뒤를 추격하는 여왕의 송곳탱크는 그들을 거의 결정적인 죽엄으로 몰아 넣기에 이르는데.......